ארגון לביאהזרוע הביצועית של הקרן החדשה משלמת באמצעות מלגות הפטורות ממס, עבור עבודות שונות בארגוני הקרן החדשה. בין העבודות: רכז ניו מדיה בארגון קו לעובד, והקמת ארכיון ההיסטוריה הפמיניסטית של שדולת הנשים בישראל.
ארגון שתיל המהווה את הזרוע הביצועית של הקרן החדשה בישראל, הוציא בעת האחרונה קול קורא להצטרפות לתכנית עמיתי אברט לצדק חברתי לשנת הלימודים האקדמית תשע"ט, התכנית "שמה לה למטרה להכשיר דור של פעילים ופעילות חברתיים צעירים, הלומדים במסגרות אקדמיות, ואשר פועלים למען חברה צודקת ומשותפת לכל, המושתת על שוויון בין כל אזרחי ותושבי ישראל".
התכנית שמעניקה למשתתפיה מלגות בסך 9,000 ש"ח הינה בעלת 3 מרכיבים: קורס אקדמי המעניק למשתתפים מהמוסד האקדמי שבו הם לומדים 4-2 נקודות זכות, תוכנית הכשרה של ארגון שתיל, ועבודה בארגונים לשינוי חברתי, מתוך רשימת ארגונים סגורה שאותה מציע ארגון שתיל.
עיון קל ברשימת ארגונים אלו מוכיח שמדובר בארגונים המשתייכים לשמאל ואף לשמאל הקיצוני, והתפקידים המוצעים בארגונים אלו כוללים תפקידים ביצועיים רבים, כדוגמת רכז מחקר, רכז תוכן, הקמת ארכיון, רכזי ניו מדיה ועוד.
תכנית המלגות של ארגון שתיל בתמורה לעבודה בארגונים, רחבה במיוחד ובפריסה כלל ארצית, בערים באר שבע ירושלים ובמחוזות צפון מרכז ודרום.
אולם השימוש בפרקטיקה של תשלום באמצעות מלגות עבור עבודות שמבצעים הסטודנטים בארגונים המועדפים על הקרן, מעלה שאלות קשות על תקינות המהלך שבו נוקטת הקרן החדשה, שכן על פי פקודת מס הכנסה מלגות פטורות ממס, אולם החוק מגדיר בפירוש שמלגות הפטורות ממס, הן רק מלגות שניתנו לסטודנט: "למימון שכר הלימוד או לצורך קיומו בתקופת לימודיו, והכל בלבד שלא ניתנת בעדם כל תמורה מצד הסטודנט", ואילו בתשלום של ארגון שתיל, הסטונדטים נדרשים לעבוד בתמורה באחד הארגונים מתוך רשימת הארגונים שאליהם מפנה שתיל.
על מנת להבהיר מהי תמורה שגורמת לכך שהתשלום לא ייחשב כמלגה הפטורה ממס, פרסמה רשות המסים חוזר מיוחד בנושא פטור בקבלת מלגה בתקופת לימודים, ובחוזר זה מובהר שכל התחייבות של הסטודנט למתן שירות כלשהו ו/או מילוי תפקיד אצל נותן המלגה, יחשבו לתמורה, למעט פעילות קהילתית או חברתית של הסטודנט או החוקר מטעם מוסד הלימוד והמחקר, או בזיקה אליו; כגון מלגות "פרח".
ראוי לציין כי סיווג תשלומים אלו כמלגות, מקנה גם לארגונים המעסיקים את הסטודנטים פטור ממס שכר ועלויות מעסיק.
